Per preparare la ratatouille, tritare prima tutti gli ingredienti. Eliminare la pelle e i semi dai peperoni e tagliarli a cubetti di 2-3 cm. Tagliare le estremità delle melanzane e delle zucchine, tagliarle a metà nel senso della lunghezza una volta, poi di nuovo a metà (se le melanzane sono più grandi, si possono tagliare in 3 metà), quindi a cubetti di 2-3 cm. Tagliare i pomodori in quarti e togliere il picciolo. Tagliare la cipolla a cubetti più grandi e tritare l'aglio. Mettere tutti gli ingredienti in una ciotola o in un piatto separato.
A fuoco vivo, soffriggere le verdure, una alla volta, in 1-1 cucchiaio di olio d'oliva per 5-5 minuti, mescolando spesso. Aggiungere i due peperoni insieme, poi le melanzane e le zucchine. Rimettere il tutto nella ciotola.
Nell'ultima fase, soffriggere la cipolla e i pomodori per 5 minuti in 2 cucchiai di olio d'oliva, mescolando spesso. Nell'ultimo minuto, salare e aggiungere l'aglio.
Aggiungere i peperoni, le melanzane e le zucchine saltate, salare, pepare e aggiungere le erbe.
Cuocere, mescolando accuratamente ogni 5-10 minuti, a fuoco medio-basso, coperto, per circa 40 minuti. Il risultato è buono quando gli ingredienti sono ancora separati, ma le melanzane e le zucchine sono già cremose e sciolte.